时光荏苒，转眼间中忍考试已经过去了十二年。如今的大蛇丸，岁月在他的脸上留下了些许痕迹，他步入了中年时期。然而，他的野心并未随着时间的推移而消减，反而愈发膨胀。
在这十二年里，大蛇丸一直在暗中谋划着一个惊天动地的计划——木叶崩溃计划。为了实现这个计划，他与第四代风影·罗砂结盟，两人决定联手进攻木叶隐村，给这个曾经的敌人以致命一击。
为了确保计划的顺利进行，大蛇丸派出了他的得力部下药师兜，让他伪装成一名普通的中忍考生，潜入木叶隐村。而大蛇丸自己，则化身为一名来自草隐村的女中忍考生，巧妙地混入了木叶隐村。
在死亡森林中，大蛇丸与宇智波佐助不期而遇。大蛇丸一眼就看中了佐助那强大的潜力和复仇的决心，他深知佐助是一个绝佳的转生容器。于是，大蛇丸毫不犹豫地给了佐助天之咒印，并预言佐助将会为了报宇智波一族被灭族之仇，主动来找他追求力量。
之后，大蛇丸趁罗砂不备，暗杀了第四代风影，并将自己伪装成风影的模样。这样一来，他便能够完全掌控砂忍的行动，使他们成为自己实现木叶崩溃计划的工具。
终于，到了第三场中忍正式考试的日子。伪装成四代目风影的大蛇丸受到了三代目火影的特别邀请，来到木叶隐村中忍选拔会场，与三代目火影一同观赏这场淘汰赛。
在这期间，大蛇丸派出了他的四名得力部下——多由也、次郎坊、鬼童丸和左近右近，让他们伪装成两名砂隐忍者担任护卫。然而，宇智波佐助却未能按时赶来参加考试，尽管三代火影多次推迟考试时间，佐助依然没有出现。于是，三代火影决定取消佐助的考试资格。
就在这时，“四代目风影”出面劝阻，他表示佐助可能遇到了一些特殊情况，建议再给佐助一些时间。三代火影考虑到与砂隐村的友好关系，最终打消了取消佐助资格的念头。
然而，这一切都在大蛇丸的计划之中。实际上，大蛇丸与木叶的原盟友——第四代风影早已暗中结盟，他们共同策划了一场针对木叶的攻击行动，这场行动被称为“木叶崩溃计划”。
大蛇丸另有自己的图谋，他在兜和君麻吕的协助下，成功地暗杀了真正的罗砂，并伪装成风影的模样。这样一来，他不仅挑起了砂忍和木叶忍者之间的激烈战斗，还让所有人都对他的真实身份深信不疑。
直到中忍考试结束，马基等人才发现了罗砂的尸体，这才意识到他们一直被大蛇丸所欺骗。而此时的大蛇丸，已经化身成草忍，尽情地戏耍着宇智波家族的那只“幼鸟”——佐助。
大蛇丸还安排了他的部下药师兜作为间谍潜入木叶忍村，以便更好地掌握木叶的情报和动态。而他自己也伪装成一名来自草忍的中忍试女考生混入该村。
在死亡森林中，一场惊心动魄的相遇正在展开。主角与宇智波佐助不期而遇，而这并非偶然。原来，大蛇丸对佐助的身体觊觎已久，他计划将佐助的身体作为转生容器，以实现自己的野心。
为了实现这个目标，大蛇丸可谓是处心积虑。他故意将天之咒印赐予佐助，这不仅是一种力量的赋予，更是一个精心设计的陷阱。大蛇丸深知佐助心中对宇智波一族被灭门的仇恨，于是他巧妙地利用这一点，预言佐助将会为了复仇而主动找上他，寻求更强大的力量。
这个咒印就如同一个隐藏在佐助体内的定时炸弹，静静地潜伏着，等待着那个最合适的时机被引爆。一旦时机成熟，咒印将会释放出巨大的力量，但同时也会对佐助的身体造成无法估量的伤害。然而，大蛇丸的阴谋远不止如此。
他成功地挑起了砂忍和木叶忍者之间的激烈战斗，使得整个局势陷入一片混乱。就在这混乱之中，大蛇丸毫不犹豫地撕下了他一直以来的伪装，露出了他那狰狞的真面目。
在由音忍四人众所维持的坚固结界里，大蛇丸与第三代火影之间的生死较量正式展开。战斗瞬间爆发，双方都毫不留情地施展出自己的拿手忍术，一时间，整个空间都被激烈的能量波动所充斥。
三代火影首先发动攻击，他双手迅速结印，口中念动咒语，随即施展出忍术·瓦片手里剑。只见无数闪烁着寒光的瓦片如雨点般密集地射向大蛇丸，速度之快，犹如闪电一般。然而，大蛇丸身形敏捷，轻易地躲过了这一波攻击。紧接着，大蛇丸迅速反击，他的潜影蛇手如毒蛇出洞，直扑三代火影。
面对大蛇丸的凶猛攻势，三代火影毫不示弱。他立刻施展土遁·土流大河，一道汹涌的土流如巨浪般冲向大蛇丸。大蛇丸见状，迅速使用土遁·土龙弹进行防御，土龙腾空而起，与土流大河相撞，激起漫天尘土。
尘土尚未散尽，三代火影紧接着发动火遁·火龙弹，熊熊烈焰如火龙咆哮着扑向大蛇丸。大蛇丸却不慌不忙，他以土替身术巧妙地避开了火龙弹的攻击。
这场战斗异常激烈，双方你来我往，互不相让。火影前期最精彩的忍术对决就在这里上演，每一招每一式都充满了力量与技巧的碰撞。而在这激烈的战斗中，最引人注目的无疑是那坚固无比的房顶，它见证了这场惊心动魄的对决。
之后，三代火影使用“手里剑影分身之术”之时，大蛇丸使用秽土转生将初代火影与二代火影召唤出来，他们的意志被完全抹杀，被迫参加战斗，二人无法发挥原本的实力。
在战斗过程中，日斩使用“火遁·火龙炎弹”从口中吐出火焰向兄弟二人扑面而来，面对火遁的攻势，第二代火影使用水遁·水阵壁从口中猛烈喷出如海浪一般的水之墙，抵挡住日斩的火遁攻击。
紧接着，第二代火影双手合十后，使用水遁·水冲波在一瞬间凭空召唤出犹如龙卷风般快速旋转上升的水，之后水犹如瀑布一般扩散并向下冲击日斩，日斩则使用土遁·土流壁筑成巨岩阻挡洪水；
但就在从岩石返归城楼之际，初代火影使用木遁秘术·树界降诞从地上快速生长出多棵树木，树木连根拔起，在一瞬间制造出一片森林，并且树枝牢牢的捆绑住日斩的双手与双脚。
日斩无法解开树枝的缠绕，于是以“通灵”召唤出战友“猿猴王”猿魔，并令其化为“金钢如意棒”斩断缠绕着的树枝。
二代火影被转生出来后，为何不自行解除秽土转生呢？这其中的缘由或许只有他自己才知道。当他在往日的师父面前，缓缓揭开那神秘的面具时，一个不为人知的年轻貌美的女忍者的脸庞展现在众人眼前。
这个女忍者的面容姣好，肌肤如雪，却透露出一股让人不寒而栗的气息。她的存在仿佛是一个巨大的谜团，让人不禁想要一探究竟。
二代火影站在那里，他的面容被一张陌生的面孔所掩盖，让人难以辨认出他原本的模样。然而，他那独特的气质和强大的气场却依然无法被掩盖。他静静地凝视着第三代火影，眼中透露出一种自信和骄傲。
“老师，您看，我的转生术已经成功了。”二代火影的声音低沉而富有磁性，仿佛来自地狱的使者。他慢慢地抬起手，展示着自己新的身体，那是一个女忍者的身体，纤细而柔美。
第三代火影瞪大了眼睛，难以置信地看着眼前的一幕。他无法接受自己的弟子竟然用这样的方式来证明自己的转生术，更无法接受他夺取了一个无辜女忍者的身体，并将其作为自己的容器长达多年。
“大蛇丸，你……你怎么能这样做？”第三代火影的声音充满了震惊和失望，“你已经完全背离了忍者的道路，走上了一条不归路。”
大蛇丸嘴角微微上扬，露出了一丝诡异的笑容。“老师，这就是力量的代价。为了获得更强大的力量，我不得不采取一些极端的手段。”他的声音中没有丝毫的愧疚或悔恨，只有对力量的渴望和追求。
此时的大蛇丸，虽然灵魂依旧是他自己，但在生理上却完全变成了一个女人。他的身体曲线柔美，长发如瀑，肌肤白皙如雪。当他无面具伪装时，说话的声音也变成了这个女忍者的声音，清脆而悦耳，却让人感到一种说不出的诡异和不可思议。
第三代火影看着眼前这个既熟悉又陌生的大蛇丸，心中充满了痛苦和无奈。他意识到，自己的弟子已经彻底疯狂，无法再用言语来规劝他。面对如此疯狂的大蛇丸，第三代火影决定不能再让他继续作恶下去，必须要清理门户，以维护忍者世界的和平与正义。
于是，一场激烈的战斗在两人之间展开。一开始，他们旗鼓相当，难分胜负。然而，尽管第三代火影被誉为“最强火影”，但岁月不饶人，他毕竟年事已高，身体状况大不如前，实力也有所下降。
在与大蛇丸的激烈交锋中，第三代火影渐渐感到力不从心，难以招架。他的每一次攻击都显得有些吃力，而大蛇丸的攻势却越发猛烈。
在这关键时刻，第三代火影毅然决定使出当年四代目火影封印九尾时所用的忍术。这个忍术威力巨大，但同时也对施术者的身体造成极大的负担。然而，为了战胜大蛇丸，保护忍者世界，第三代火影毫不犹豫地选择了冒险。——尸鬼封尽。这是一种极其强大且危险的忍术，需要付出巨大的代价。
只见三代火影召唤出两个影分身，分别冲向初代火影和二代火影，以迅雷不及掩耳之势将他们封印。而他的本体则直面大蛇丸，决心将其封印。
然而，就在封印的过程中，大蛇丸展现出了他的狡诈和阴险。他操纵着草雍剑，突然发动攻击，狠狠地刺向第三代火影。这一击让三代火影身受重伤，鲜血四溅。
尽管遭受重创，第三代火影依然没有放弃，他拼尽全力继续施展尸鬼封尽。但由于伤势过重，他最终未能完全封印大蛇丸，只是废掉了他的双手，让他无法再使用忍术。
那么，为什么三代火影施展尸鬼封尽只能封印大蛇丸的一双手呢？这其中的原因可能有很多。一方面，大蛇丸本身实力强大，他的抵抗使得封印过程变得异常艰难。另一方面，三代火影在战斗中已经受伤，这无疑影响了他的封印效果。
无论如何，三代火影以自己的生命为代价，成功地保护了木叶村，阻止了大蛇丸摧毁木叶的计划。而大蛇丸的双手被废掉后，他失去了使用忍术的能力，因为绝大部分忍术都需要通过手部结印和提炼查克拉才能施展出来。
无奈之下，他只能率领音忍们狼狈地撤退。而砂忍们在事后才惊觉，原来真正的风影早已被大蛇丸暗杀，于是他们赶紧与木叶重新签订和约。就这样，大蛇丸精心策划的木叶崩溃计划，最终还是以失败收场。
然而，大蛇丸并未善罢甘休。为了治愈自己那双残废的手，他竟然带着部下兜，主动前往短册街，寻找传说中的三忍之一、医疗圣手纲手，恳请她为自己诊治。
面对大蛇丸的请求，纲手的态度异常坚决，丝毫不为所动。大蛇丸见状，便使出了最后的杀手锏——他提出可以用秽土转生这种禁术，让纲手死去的弟弟和恋人复活，以此作为交易条件，并且只给纲手七日的时间考虑。
七日之后，双方再次会面。然而，纲手依旧果断地拒绝了大蛇丸的提议。大蛇丸和兜眼见无法说服纲手，便决定直接动手，将她制服，逼她为自己治疗。
就在这千钧一发之际，自来也和鸣人也恰好赶到了现场。
最初大蛇丸利用纲手怕血这一弱点稳占上风，但随后纲手就被鸣人激励摆脱了对血的恐惧，使用了创造再生，三忍展开大战。
在一片荒芜的土地上，三忍攻防战正在激烈地展开！自来也和纲手联手对抗着强大的大蛇丸。双方你来我往，互不相让，战斗进入了白热化阶段。
就在这时，鸣人突然使出了刚刚学会的忍术——螺旋丸，狠狠地砸向了兜。这一招威力惊人，直接将兜重创。然而，鸣人也因为体力不支而昏倒在地。
与此同时，大蛇丸和自来也的战斗愈发激烈。大蛇丸看准时机，想要趁此机会一举解决掉鸣人。他手持利剑，如闪电般冲向鸣人。
然而，就在这千钧一发之际，纲手迅速出手，挡住了大蛇丸的攻击。大蛇丸的剑被纲手的怪力弹开，他的计划落空了。
经过一番苦战，大蛇丸和万蛇最终都被击败。大蛇丸眼见局势不利，只得带着兜狼狈撤退。
在大蛇丸撤退之后，他开始忍受着巨大的痛苦。原来，他一直使用着一个女人的身体，而这个身体的双手被封印，给他带来了无尽的折磨。
为了摆脱这种痛苦，大蛇丸决定命令音忍四人众前往劝说佐助投靠音隐村。他希望佐助能够成为他的新容器，让他重获自由。
在佐助到来之前，大蛇丸实在无法忍受这种痛苦，他不得不抛弃那个已经无法使用双手的美丽女人身体。由于转生对灵魂有一定的损伤，所以在容器还能使用的时候，大蛇丸并不会轻易进行转生。
于是，大蛇丸临时选择了忍者幻幽丸的身体作为自己的新容器，进行了灵魂转生。
尽管后来音忍四人众以及拥有血继限界的君麻吕都彻底死亡了，但他们的任务其实已经完成——成功地让佐助来到了音隐村。而大蛇丸则开始积极地对佐助进行各种培训，显然是想把佐助培养成下一个容器。
然而，当大蛇丸与鸣人展开对决时，却出现了令人意想不到的情况。要知道，大蛇丸可是比自来也还要强大的存在，但他在对付四尾化的鸣人时，竟然显得有些吃力。
时间一晃而过，三年之后，木叶村的“新第七班”队长——大和，从“晓”的蝎那里得到了一个重要消息。原来，蝎曾经派往大蛇丸身边的卧底，将会在天地桥与大蛇丸会面。大和意识到这可能是找到佐助线索的好机会，于是决定借此机会一探究竟。
令大蛇丸吃惊的是，那个被他当作试验品的大和竟然还活着。更让他意想不到的是，随后他还要面对因愤怒而化成四尾妖狐的鸣人。这场战斗异常激烈，兜甚至称之为“怪物之间的战斗”。
然而，尽管大蛇丸实力强大，但他的身体已经达到了极限。最终，他不得不带着兜以及团藏派来交涉的佐井一起离开。
就在这时，鸣人开启了仙人模式，与大蛇丸展开了最后的对决。在这场激战中，大蛇丸再次对佐助种下了天之咒印。
然而，大和班的众人并没有轻易放弃。他们一路追踪，终于找到了大蛇丸的巢穴。在那里，他们发现了佐井，并成功地说服他归队。
随后，大和班决定分成两队，以便更快地找到佐助的位置。其中一队由佐井和鸣人组成，另一队则是小樱和大和。
在寻找佐助的途中，佐井和鸣人意外地遇到了大蛇丸。面对这个曾经的敌人，鸣人毫不犹豫地与他展开了激烈的战斗。
然而，就在战斗进行得如火如荼之际，鸣人却做出了一个出人意料的决定。他让佐井先去寻找佐助，自己则留下来拖住大蛇丸。
佐井深知鸣人的决心，于是他毫不犹豫地继续前进，留下鸣人独自面对大蛇丸。
与此同时，小樱和大和也察觉到了这边的情况，急忙赶来支援。当他们赶到时，大蛇丸似乎并不想与他们纠缠，瞬间便消失得无影无踪。
没过多久，鸣人、小樱和佐助终于再度见面。然而，佐助的态度却让人意想不到。他不仅对鸣人等人毫无旧情，甚至还想要将他们全部杀掉。
就在这紧张的时刻，大蛇丸突然再次出现。令人惊讶的是，他竟然出手阻止了佐助的行动。
原来，大蛇丸认为鸣人他们还有利用价值，可以替他多杀掉几个“晓”的成员。毕竟，大蛇丸曾经也是“晓”的一员，叛离组织后，他同样也遭到了“晓”的追杀。
佐助似乎明白了大蛇丸的意图，于是他放弃了杀害鸣人等人的念头，与大蛇丸一同如鬼魅般消失在风中。
不尸转生的三年期限结束后，连兜的药也救不了他，大蛇丸认为是时候利用佐助的身体进行灵界转生。
另一边佐助认为大蛇丸该教他的全都学会了，没有什么利用价值，故先发制人，冲进其房间进行刺杀。大蛇丸也不甘示弱，使用白蛇使役术将自己变为体型庞大的巨蛇，威力极为强大。
大蛇丸打算通过此术来占据佐助的身体，结果因身体极其虚弱，不敌佐助的写轮眼而被佐助吸收，灵魂与力量被完全压制。
之后，佐助与自己的哥哥鼬战斗时，由于查克拉耗尽而释放出了大蛇丸，他重见天日后使用出八岐之术，打算就此夺取佐助的身体，
同时与鼬一较高下，结果被自己苦心寻找的十拳剑封印了几乎全部的查克拉，保命用的小白蛇也被鼬的天照烧死。
在第四次忍界大战激烈进行之际，佐助、重吾和水月这三位忍者展开了一场惊心动魄的行动。他们的目标是将大蛇丸从御手洗红豆的咒印中复活，并夺回佐助被兜夺走的查克拉以及兜在此期间所掌握的重要情报。
经过一番艰苦的努力，他们终于成功地让大蛇丸重获自由。大蛇丸感激涕零，与佐助、水月和重吾一同踏上了寻找真相的征程。
在宇智波一族的南贺神社，大蛇丸利用之前留下的卷轴内容，施展出了一种神秘的忍术。这一忍术竟然成功地将被尸鬼封尽封印的自己双手以及前四代火影的灵魂释放了出来！
紧接着，大蛇丸展现出了他惊人的实力和智慧。他巧妙地利用附身在佐助身上的白绝，施展了秽土转生之术，成功地召唤出了前四代火影。
然而，施术的过程对大蛇丸的身体造成了巨大的负担，使他的躯体濒临死亡。但大蛇丸并未放弃，他以惊人的毅力和决心，迅速逃离了濒死的躯体，并夺取了一具具有初代细胞的白绝身体。
不仅如此，大蛇丸还在瞬间恢复了双臂，展现出了他强大的再生能力。
在兜体内的这段时间里，大蛇丸经历了许多思考和反省。他意识到，即使是一直模仿自己生存方式、处心积虑计划一切的兜，最终也以失败告终。
因此，大蛇丸决定放下过去的恩怨，选择帮助佐助。他渴望见证一个与自己截然不同的人生，一个充满希望和可能性的未来。
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