攻打掖县几天，登州叛军的伤亡不大，守城官兵伤亡不大死的都是山东百姓，而孔有德知道不能这么耗下去了，得抓紧占领山东北部才能迎击后续到来的官军甚至还有关宁军，他久在辽东知道他们战力，一旦围剿不顺崇祯肯定会让他们来的。
于是命令在登州的李九成调孙元化之前购买的红夷大炮八门用牛车拉着到莱州前线支援。
同时让队伍里面的炮灰在掖县附近修炮台准备等红夷大炮来了就开炮轰里面的官军。
就在这时辽东水师带着一支川兵前来增援掖县，本来这股川兵是打算去收复旅顺的，因为陈有时，毛承禄叛乱占领了这里，川兵的彭友谟到了旅顺后发现这里已经被黄龙还有尚可喜收复，于是又继续南下莱州府城增援官军。
川兵战力强，到了以后发动冲锋居然击败了孔有德部，毁掉了他修筑不少日子的炮台。
城内徐从治和谢涟趁机出城修筑了城外的防御工事，就这么和孔有德对峙了下来。
此后孔有德继续驱赶炮灰进攻莱州府城掖县，川兵善战，守的滴水不漏，而炮灰们已经恨叛军入骨了也没有好好攻城，孔有德部连攻掖县一月未下。
到了三月底，崇祯遣兵部侍郎刘宇烈率蓟镇总兵邓杞和密云副将牟文绶两部共七千大军南下，又大方的拨给了刘宇烈六门红夷大炮，让他增兵莱州一举灭掉孔有德。
刘宇烈南下后先召集了在家混日子的刘泽清，任命他为杂号义勇总兵，募集乡勇参战，同时召集了天津总兵王洪和保定总兵刘国柱，凑齐了两万五千大军，准备一鼓作气灭掉登州叛军。
刘宇烈坐镇昌邑县城，将两万五千大军分为四路，安排他们在分兵四路于四月初六会师掖县城下打一个大胜仗。
就这样，登莱之乱孔有德部最大的胜仗沙河之战爆发了。
孔有德还是老一套路，先让一个军官带着炮灰冲击官军阵地，邓杞等人很快便将他们打的大败，官军们也都开始快乐的割首级准备报功。
就在几万官兵忙着割炮灰首级时，孔有德率数百骑兵击溃了官军运粮部队，将两千石粮草烧的干干净净。
同时集结精锐绕开官军主力，直扑总理山东兵事的兵部侍郎刘宇烈驻节之地昌邑。
孔有德先是安排人散布假消息说前线的邓杞三总兵全军覆没被孔有德杀了，然后安排骑兵在昌邑城外耀武扬威。
刘宇烈从没打过仗，没有仔细甄别这件事的真假，慌忙逃出了昌邑县城。
孔有德根本没打算攻城，又虚晃一枪杀回掖县，再次散布流言说刘宇烈已经被孔有德砍了。
邓杞先是收到两千石粮草被毁，又听说兵部侍郎被杀了的消息。
蓟镇兵顿时军心大乱，又被东江骑兵冲入阵中，来了个三进三出，击溃了蓟镇兵，同时王洪和刘国柱看到孔有德发威又一次大败官军，默契的带着家丁跑路。
就这样两万多大军全军覆没，三总兵只带了家丁逃跑，孔有德缴获火药，铠甲和其它辎重无数。
这时候刘泽清带着的乡勇部队也来了，孔有德用了辽东经典的一二字阵，先是骑兵突袭刘泽清中军，步兵两翼包抄，再一次全歼义勇总兵刘泽清所部三千人，刘泽清被砍了两个手指头跑掉了。
除此之外，那六门红夷大炮也被孔有德部所缴获。
在官军败退后，孔有德以十四门红夷大炮再次进攻掖县，虽然还是没有攻陷掖县，不过却一炮打死了新任山东巡抚徐从治。
此时谢涟知道再死守莱州早晚要沦陷，于是遣人出海去宁海州找登莱副总兵吴安邦让他率领文登营和麾下部队进攻登州以围魏救赵解掖县之围。
吴安邦没瞧得起耿仲明，就在蓬莱县城外几里扎营，结果耿仲明带着留守的一千人马出城，先以火器攻击随后冲击吴安邦大营，全歼这支部队，吴安邦只身逃回宁海州。
崇祯皇帝此时实在是奈何不了孔有德部了，又打起了招抚的主意可惜孔有德看都不看一眼。
就在这时天津巡抚郑宗周又被耿仲明打败了一次，耿仲明在打败吴安邦后宣称自己要招安，此时朝廷暂时调集不了兵力围剿他们，郑宗周就信了一把耿仲明，派孙应龙率军两千出海去蓬莱。
这两千官兵一入蓬莱耿仲明就命令关闭城门来了和关门打狗逼降了这两千人，孙应龙被杀，天津水师的船队落入叛军手中。
到现在崇祯暂时没牌了，只能让之前战败的刘宇烈去招抚孔有德同时让掖县城里的谢涟准备出城接受。
但孔有德依旧没有回复，而是打算继续耗着。
就这样，崇祯皇帝怒了他真怒了，打算将手里的大杀器丢出来了，那就是镇守辽西的关宁军，让他们来山东镇压孔有德。
孔有德此时连战连捷根本不害怕关宁军了，但是故意伪装成自己害怕，谢涟在辽东待过知道关宁军战力他表示这是真的，孔有德就是害怕，然后提议就现在招募孔有德，掖县的包围就能解除了。
杨御蕃虽然被孔有德杀败了，但还是想的多，他表示要招抚也得等关宁军来了再说。
但是一旁的知府朱万年表示孔有德就是个老实人，之前他来掖县，自己一顿牛酒就打发了，现在一定是害怕了，招抚会成功的。
杨御蕃劝不动这两人，只好不劝了但表示自己无论如何也不会出城的。
在谢涟和朱万年一前一后出城时，突然谢涟的马匹受惊冲进了叛军大营，朱万年被埋伏的骑兵捅死。
谢涟被俘后，孔有德押着他们来叫门，城里的杨御蕃和彭友谟直接朝着谢涟开炮，孔有德的计谋失败带着谢涟撤退了。
山东的局势已经不可收拾时，关宁军终于动了，以高起潜为监军，金国奇为帅出兵一万七千人来到了山东。
关宁军来了，原来的败将们都有胆子了，登州叛军副都元帅陈有时南下进攻平度遭遇陈洪范和刘泽清，结果他居然没打过这两人，被击败自己还挨了鸟铳死在路上被人抬回了登州。
而关宁军来了以后，崇祯重新安排了指挥人选，这次他让监军高起潜，山东巡按谢三宾，新任山东巡抚朱大典一起指挥，准备彻底灭掉孔有德。
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